Berdasarkan Permenkes Nomor : 10 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bidang Kekarantinaan Kesehatan, UPT Bidang Kekarantinaan Kesehatan mempunyai tugas melaksanakan upaya cegah tangkal keluar atau masuknya penyakit dan/atau faktor risiko kesehatan di wilayah kerja pelabuhan, bandar udara, dan pos lintas batas darat negara

Dalam melaksanakan tugas, BBKK menyelenggarakan fungsi :

1. penyusunan rencana, kegiatan, dan anggaran; 

2. pelaksanaan pengawasan terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;  

3. pelaksanaan pencegahan terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;  

4. pelaksanaan respon terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan; 

5. pelaksanaan pelayanan kesehatan pada kegawatdaruratan dan situasi khusus;  

6. pelaksanaan penindakan pelanggaran di bidang kekarantinaan kesehatan; 

7. pengelolaan data dan informasi di bidang kekarantinaan kesehatan;  

8. pelaksanaan jejaring, koordinasi, dan kerja sama di bidang kekarantinaan kesehatan;

9. pelaksanaan bimbingan teknis di bidang kekarantinaan kesehatan; 

10. pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan pelaporan di bidang kekarantinaan kesehatan; dan 

11. pelaksanaan urusan administrasi UPT Bidang Kekarantinaan Kesehatan